Staatsanwält*innen sind weisungsunterworfen. Das bedeutet, sie haben Weisungen ihrer Dienstvorgesetzten zu befolgen. Innerhalb einer Staatsanwaltschaft sind dies ihr*e Gruppenleiter*in und der*die Leiter*in.
Über die Dienststellengrenzen hinaus ist das Weisungsrecht so ausgestaltet, dass die Oberstaatsanwaltschaften den Staatsanwaltschaften (die Oberstaatsanwaltschaft Wien auch der Wirtschafts- und Korruptionsstaatsanwaltschaft) und das Bundesministerium für Justiz den Oberstaatsanwaltschaften Weisungen erteilen können.
Die Generalprokuratur ist zwar die höchste Staatsanwaltschaft der Republik, unterscheidet sich aber von den anderen insofern, als sie nicht als Ermittlerin oder Anklägerin, sondern vielmehr als Rechtswahrerin auftritt. Sie kann den Oberstaatsanwaltschaften keine Weisungen erteilen, ist aber selbst der Justizministerin weisungsunterworfen. Außerdem besteht bei der Generalprokuratur der „Weisungsrat“, welcher die Justizministerin in bestimmten Fällen berät, insbesondere dann, wenn eine Weisung in einem bestimmten Verfahren erteilt werden soll.
Die Bundesministerin hat dem Parlament außerdem jährlich über die von ihr erteilten Weisungen in abgeschlossenen Verfahren zu berichten.
Das Weisungswesen ist gesetzlich genau geregelt. Weisungen der Bundesministerin für Justiz und der Oberstaatsanwaltschaft müssen schriftlich ergehen und sind zu begründen. Das sorgt für Nachvollziehbarkeit und Klarheit innerhalb des Weisungszugs. Transparenz wird aber auch dadurch erreicht, dass eine Weisung zum Strafakt genommen werden muss. So können in den jeweiligen Verfahren Beschuldigte, Opfer, deren Vertreter*innen und Gerichte im ihnen jeweils nach der StPO zustehenden Umfang in Weisungen Einsicht nehmen und nachvollziehen, warum sie erteilt wurden und worauf sie abzielen.
Die Staatsanwaltschaften sind also hierarchisch organisiert. Das aktuell bestehende Weisungswesen soll auch der fachlichen Kontrolle und Qualitätssicherung dienen – ähnlich dem Instanzenzug bei Gerichten.
Da die Weisungsspitze derzeit die Justizministerin und damit ein Mitglied der Bundesregierung ist, kann der Anschein der Möglichkeit politischer Einflussnahme in Strafverfahren entstehen. Dies war in der Vergangenheit auch oftmals Gegenstand öffentlicher und medienwirksamer Diskussionen. Die StAV tritt daher für die Einführung eines*einer unabhängigen Generalstaatsanwalts*Generalstaatsanwältin ein.
Die Politik hat den Vorschlag der Neuregelung der staatsanwaltschaftlichen Weisungsspitze aufgegriffen. Eine durch die Justizministerin eingesetzte Arbeitsgruppe zur Schaffung einer unabhängigen und weisungsfreien Bundes- bzw. Generalstaatsanwaltschaft (an der auch die StAV beteiligt ist) erarbeitet derzeit Vorschläge für deren Grundlagen und ihre konkrete Ausgestaltung.